Recentemente peguei um site com slides de banners. A animação era em jquery. Depois a cliente pediu para colocar mais animações. Percebi que o site começou travar.
O que pude concluir é que se for uma animação não pesada, javascript da conta, mas se for algo pesado, vale a pena fazer em flash.
Sua máquina irá dar cria se você colocar animações pesadas em javascript.
Fica a dica!